Você pode disparar notificações do Gnome a partir de um terminal usando o programa notify-send. No Ubuntu, para instalar, faça:
sudo apt-get install notify-osd
Feito isso, você pode chamar:
notify-send "Hello world"
Cada notificação pode ter um título e um texto. Você passa os dois como parâmetros, assim:
notify-send "Hello again..." "Here goes the message"
Você também pode incluir um ícone em suas notificações, usando o parâmetro -i, assim:
notify-send -i /home/elcio/Imagens/alerta.png "And again..." "Now with an icon."
Além de incluir suas imagens, você pode usar os ícones do Gnome:
notify-send -i important "And again..." "Did I get some importance?"
Para obter uma lista dos ícones disponíveis, dê uma olhada no diretório /usr/share/icons/gnome/48×48.