Quando você está escrevendo código, pense sempre em quem vai ter que lê-lo no futuro. Pode ser você mesmo. Pode ser você mesmo, daqui a cinco, às duas da manhã, correndo para consertar um bug.
É por isso que padrões e convenções são uma ideia tão boa.
Quanto tempo você já passou olhando o código de alguma aplicação, tentando descobrir onde estão as coisas? No web2py, um dos meus frameworks favoritos, quando você cria uma nova aplicação, a pasta de código se parece com isso:
Web2py é um framework MVC, que, você sabe, é a sigla para model, view e controller. Para acessar o banco de dados você escreve um model. E como se chama a pasta onde estão seus models? Ok, models. E as regras de negócio devem ir num controller. E onde estão seus controllers? Na pasta controllers, claro. E as views na pasta views.
Zero esforço para entender, zero esforço para decorar.
Eu sei que é bem pouco esforço decorar que, no seu novo framework da moda, as views estão dentro de /presentation/templates/html, os controllers em /app/core/controllers e os modelos em /persistence/rdbs. Mas pouco é infinitamente mais do que zero. E, acredite, esses pequenos esforços, somados, fazem um bocado de diferença.